אבני חן מגיעות בכל צבע הספקטרום. בעוד שספירים, אבני אבן ואמרגד הם אלו שעולים בראש לראש כאשר חושבים על פנינה צבעונית, יש כל כך הרבה אבני חן צבעוניות יפות אחרות שיש לקחת בחשבון. גם בקרב אבני חן הקשורות בדרך כלל לצבע אחד, ישנן הדרגות וריאציות להן. כפי שאפייר, למשל, מגיע בגוונים שונים של כחול, תלוי מאיפה זה. אבל ספיר יכול להגיע גם בצבעי ורוד, צהוב וירוק.
אבני החן הצבעוניות היקרות ביותר הן בגוונים העמוקים והעשירים ביותר של הצבע. בזמן ספיר יכול לנוע בין כחול בהיר לכמעט שחור, החשובים ביותר הם כחול עמוק ועשיר. הדבר נכון גם כן לאודמים. אמנם גם הם יכולים לנוע בצבעם מחיוור עד כהה ועכוך מאוד, אך הצבע המוערך ביותר הוא מה שמכונה דם יונה, אדום עמוק אודם שנכרה במה שהיה ידוע בעבר כ בורמה.
היקר ביותר אמרלד הם ירוק עמוק, אם כי הברקת עצמה מגיעה במגוון רחב של גוונים, מצהוב-ירוק לכחול-ירוק. את כל אבני חן צבעוניות, ואבני חן ברורות, תלויים בחיתוך ובליטוש מומחים כדי להציג את הצבעים על כל הדקויות והברק שלהם.
בדרך כלל ככל שהצבע עמוק ועשיר יותר, כך האבן יקרה יותר. אמטיסטים הטובים ביותר יהיו סגול כהה, מלכותי. אמטיסט בצבע בהיר יותר פשוט לא יקר.
אך אנשים רבים מעדיפים צבעים בהירים יותר או כהים יותר. והם נוטים להיות משתלמים יותר. מעט בהיר יותר אַחלָמָה הרבה יותר קל להשיג מהצבע "האידיאלי", אך הוא עדיין אבן חן יפה.
באופן מוזר, יהלומים מדורגים לפי צבע חסרי הצבעים שלהם. ככל שפחות צבע, כך דרגת היהלום גבוהה יותר. אלא אם כן מדובר בצבע מוגדר כגון יהלום ורוד או יהלום כנרי. אלה הם יקרים כמעט כמו חסר צבע כמעט יהלום.